1）不能施用化学肥料，要保证作物的营养物质，必须施用有机肥料，有机肥料要进行无害化处理后才能施用，所以有机肥价格高，从而有机食品价格高；
2）不能施用人工合成的农药，病虫害防治是一个立体的综合性防治体系，通常是人工捉虫、物理捕虫或者以虫治虫，其投入也要超过常规生产方式；
3）有机食品种植过程中，没有使用过农药化肥，所以折损率高，出产率少。有机农产品比一般常规产品的产量低25％～40％左右；
4）不能使用化学除草剂，而人工除草，费时又耗力；
5）有机生长顺其自然，不能使用化肥、生长激素，所以其生长期长，自然增加了成本；
6）从常规生产到有机生产要有一个转换过程，时间至少24—36个月；
7）原料生产、加工生产都要进行有机认证，要支付认证费用；
8）目前有机产业没有形成规模化效应。
9）有机食品种植的土地要求三年的转换期，因为养地，自然产量减少影响效益。
